膨大避難所

• マイク・タイソン

「パンチアウト」から来たボクサー。
今作では火炎放射も身に付けている。

• メカキャサリン

「スーパーマリオUSA」のキャサリンを模したロボ。スーパーマリオアドバンス版の物とはデザインが違う。
次々打ち出してくるタマゴ砲弾を乗り継いで戦おう。目から放つレーザー弾や、こちらを追跡するヘイホーに注意。
攻撃手段は目からビーム、ヘイホー、タマゴ弾。

• ドラキュラ伯爵

「悪魔城ドラキュラ」のボスキャラ。火の玉、巨大弾、亡霊召喚と多彩な攻撃を見せる。
会話付きでキッドくんが喋る。グラスに当たらないように注意。
攻撃手段は火炎果実弾、月弾、ホーミング怨霊。

• クレイドギエフ

「ストリートファイター」のザンギエフが「メトロイド」のクレイドと合体したもの。
パンチやブランカミサイル、北斗百裂拳…と言う名のパイルドライバーで攻撃してくる。
弱点は口。

• マザーブレイン

「メトロイド」に出てくる機械仕掛けの生き物。
周囲のマシンから放たれるリンカ(リングビーム)と光弾が基本武器。
倒したら自爆を試みるので急いで避難しよう。

• クッパ&マムー&Dr.ワイリー

それぞれ「スーパーマリオワールド」「スーパーマリオUSA」「ロックマンシリーズ」出身の三人1組のボス。UFOを乗りこなして折々の攻撃をしかけてくる。

• ドラゴンデビル

最終ステージの門番である、「ロックマン2」のメカドラゴンと「ロックマン」のイエローデビルの合体版。
イエローデビルの分裂と、メカドラゴンの火の玉を兼ね備えた強敵。